Die Evangelikale lutherische Kirchengemeinde in Kenia ist aus der Missionsarbeit der Schwedischen lutherischen Mission (SLM=Swedish Lutheran Mission) 1948 entstanden. Der Gründer war der Schwede Martin Lundstrom.

1963 änderte sie ihren Namen von ELCK zu Lutherische Kirche Kenias (LCK= Lutheran Church of Kenya) und wurde als eigene Kirche registriert. 1973 wurde der Name wieder zu ELCK geändert. Zu der Zeit gab es drei größere Kirchenbezirke: North District, Kisii District, und den Nyanza District.

Nach dem Muster der schwedischen Landeskirche, die zu Beginn einen großen Einfluss hatte, entstand 1996 die episkopale Kirchenpolitik. In diesem Jahr wurde auch der erste kenianische Bischof gewählt.

2002 wurde die Kirche in vier Dekanate aufgeteilt: Central, Lake, South-West und North-West und der erste Erzbischof gewählt. Jede Dekanat wird von einem Dekantsbischof geleitet.